पर्यावरण माइक्रोबायोलॉजी जर्नल डबल ब्लाइंड पीयर समीक्षा प्रक्रिया का पालन करता है, समीक्षक लेखकों की पहचान से अनजान हैं, और लेखक भी समीक्षकों की पहचान से अनजान हैं। शोधकर्ताओं/विद्वानों/वैज्ञानिकों के काम को मान्य करने के लिए अंक के प्रत्येक लेख के लिए कम से कम एक बाहरी समीक्षक है। पत्रिका की समीक्षा प्रक्रिया संपादकीय कार्यालय से प्रारंभिक समीक्षा के साथ-साथ पत्रिका के संपादकीय बोर्ड के सदस्यों द्वारा की जाती है।
प्रत्येक प्रस्तुत पांडुलिपि को संपादकीय कार्यालय द्वारा प्रारंभिक गुणवत्ता नियंत्रण जांच के लिए संसाधित किया जाता है, जिसके बाद बाहरी सहकर्मी समीक्षा प्रक्रिया होती है। आमतौर पर प्रारंभिक गुणवत्ता नियंत्रण 7 दिनों के भीतर पूरा हो जाता है और यह मुख्य रूप से जर्नल फ़ॉर्मेटिंग, अंग्रेजी और जर्नल स्कोप के संदर्भ में होता है।
